FinNews.ru публикует перевод статьи с сайта "inference-review.com", посвящённой происхождению вируса SARS-CoV-2, вызывающего болезнь Covid-19. Это продолжение. Начало читайте в "Кто виноват в эпидемии Covid-19: дикая природа или "Уханьский институт вирусологии"? Часть 3".

Геном-обличитель

SARS-CoV-2 содержит ряд любопытных геномных особенностей, наиболее очевидным из которых является новый сайт расщепления фурином. Ни у одного другого известного коронавируса, связанного с SARS, нет сайта расщепления фурином. Для проникновения в клетки человека SARS-CoV-2 использует шиповидный белок, который прикрепляется к человеческим рецепторам ACE2. Затем белок должен быть разрезан ферментом, чтобы слиться с клеточной мембраной и проникнуть в клетку. Белок спайка состоит из двух частей, S1 и S2. S1 отвечает за первичный контакт с рецептором, а S2 – за слияние и проникновение. Чтобы S2 инициировал слияние, соединение S1/S2 должно быть разрезано ферментом-хозяином, таким как фурин или TMPRSS2. В этом соединении у SARS-CoV-2 обнаружен новый сайт расщепления фурином. Фурин – очень эффективный фермент, обнаруженный как на поверхности, так и внутри многих клеток человека, особенно в эпителии дыхательных путей.

Сайт расщепления фурином в SARS-CoV-2 был создан своеобразной вставкой из 12 нуклеотидов – настолько своеобразной, что геномный локус в SARS-CoV-2, охватывающий его сайт расщепления фурином, по крайней мере на двенадцать нуклеотидов длиннее, чем любой из его родственников. Вирусологи неоднократно создавали новые сайты расщепления фурином в коронавирусах. Понятно, почему. Сайты расщепления фурином значительно расширяют как тканевой, так и видовой тропизм вируса. А сайты расщепления фурином усиливают адаптацию вирусного штамма к определенным клеточным линиям.

WIV не упомянул новую фуриновую вставку в своих первых двух статьях о SARS-CoV- 2, хотя WIV располагал в то время ближайшим родственником SARS-CoV-2 – штаммом RaTG13 . Геномное сравнение сделало очевидным сайт расщепления фурином. На своей диаграмме, сравнивающей два генома, WIV прервал сравнение непосредственно перед новой вставкой. В статье, в которой впервые упоминается RaTG13, исследователи WIV не объяснили, откуда взялся RaTG13 или как они им завладели.

Новая вставка состоит из нуклеотидов T CCT CGG CGG GC; соответствующими аминокислотами являются пролин (CCT), аргинин (CGG), аргинин (CGG), аланин (GCA) или PRRA в однобуквенном обозначении аминокислот. Нуклеотидная вставка является нечетной, потому что она не полностью находится в рамке, вставка расщепляет наследственный сериновый кодон TCA, сохраняя при этом нижнюю рамку. Странными также являются два повторяющихся кодона аргинина CGG. CGG – самый редкий из шести кодонов, кодирующих аргинин в коронавирусах летучих мышей, а вставка SARS-CoV-2 – единственный пример, в котором два кодона CGG идут подряд. Фактически, дублет CGG-CGG является единственным, кодирующим два аргинина во всех 255 SARS-подобных вирусах с белковыми аннотациями, перечисленными в базе данных генетических последовательностей NIH (GenBank).

В отличие от коронавирусов летучих мышей, CGG является наиболее частым кодоном аргинина у людей.

RaTG13

Вирус RaTG13 похож на SARS и относится к семейству бета-коронавирусов. Это близкий родственник SARS-CoV-2. Получив геном SARS-CoV-2 27 декабря 2019 года, WIV мог бы убедиться, что он соответствует RaTG13 на 96,2%. WIV объявила, что у них есть RaTG13, в препринте, загруженном в bioRxiv 23 января 2020 года и вскоре после этого опубликованном в Nature . Их объяснение было кратким: "Затем мы обнаружили, что короткая область РНК-зависимой РНК-полимеразы (RdRp) из коронавируса летучей мыши (BatCoV RaTG13), которая ранее была обнаружена у Rhinolophus affinis из провинции Юньнань, показала высокую идентичность последовательности с 2019-nCoV. Мы провели полноразмерное секвенирование этого образца РНК".

Это говорит о том, что исследователи WIV впервые обнаружили совпадение между SARS-CoV-2 и коротким фрагментом RdRp RaTG13. Имея совпадение, они затем провели полную секвенирование RaTG13. После того, как WIV был вынужден опубликовать необработанные данные секвенирования, было отмечено, что они содержат ампликоны 2017 и 2018 годов.

Когда был секвенирован RaTG13?

В 2018 году, как позже признал WIV.

Это было компрометирующее признание. Для установления соответствия между RaTG13 и SARS-CoV-2 не требовалось совпадения между фрагментом RdRp и SARS-CoV-2. У WIV уже был полный геном RaTG13: он оказался бы лучшим совпадением с SARS-CoV-2.

Но был еще один важный аспект истории RaTG13, который WIV не удалось раскрыть: тот факт, что он был добыт в 2012 году на руднике в Моцзяне, уезде на юге провинции Юньнань. В том году шесть горняков заразились вирусной пневмонией во время работы на шахте, трое из них позже скончались. Впоследствии WIV был приглашен для анализа образцов тканей шахтеров. Они обнаружили антитела IgG, реагирующие на SARS. В течение следующих нескольких лет исследователи из WIV несколько раз посещали шахту Моцзян в поисках новых вирусов. WIV в конце концов признал эти детали в приложении, опубликованном через девять месяцев после статьи в Nature . В том же дополнении WIV заявил, что RaTG13 идентичен образцу, помеченному Ra4991, который впервые упоминается в статье 2016 года и чей фрагмент RdRp размером 370 нуклеотидов в то время был депонирован в GenBank.

WIV также не упомянул новый сайт расщепления фурином в SARS-CoV-2: это было бы сразу очевидно любому обученному коронавирусологу, глядя на выравнивание спайковых белков в SARS-CoV-2 и RaTG13. В своей статье, раскрывающей RaTG13, WIV решили отрезать это выравнивание непосредственно перед новым сайтом расщепления фурином. За несколько дней до того, как стать соавтором этой статьи, Ши написал в соавторстве с Цзяном еще одну статью о SARS-CoV-2, в которой правильно идентифицирован сайт расщепления S1/S2 SARS-CoV-2 на новом сайте расщепления RRAR|S.

Трудно поверить, что такие эксперты, как Ши или Цзян, могли пропустить новый сайт расщепления фурином на стыке расщепления S1/S2, специально выполняя выравнивание в поисках сайта расщепления S1/S2 SARS-CoV-2. Кажется, Ши промахнулась дважды. В выравнивании Nature использовалась скорректированная нумерация аминокислот шипа SARS-CoV-2, тогда как в статье Цзяна использовалась неисправленная нумерация: WIV изначально ошибочно включил девять дополнительных аминокислот в последовательность белка шипа SARS-CoV-2, которую они загрузили в GenBank. Таким образом, правильным локусом расщепления S1/S2 SARS-CoV-2 является R685/S686, а неР694/С695. Другим исследователем, предположительно пропустившим новый сайт расщепления фурина, был Бен Ху, получивший признание в статье Цзяна и Ши за его работу по "филогенетическому анализу гена S 2019-nCoV".

Сам RaTG13 остается несколько загадочным. Его рецептор-связывающий домен не связывается ни с одним из изученных рецепторов ACE2 летучих мышей. Недавнее исследование проверило рецептор ACE2 у тех самых видов летучих мышей, RaTG13 предположительно был взят у R. affinis. Было обнаружено, что RaTG13 плохо связывается с ACE2 R. affinis. Даже шиповидная мутация T403R, которая, как было замечено, заставляет его хорошо связываться с человеческим ACE2, оказалась беспомощной, когда дело дошло до связывания ACE2 R. affinis.

Напротив, RaTG13 очень хорошо связывается с ACE2 человека и лучше всего связывается с рецепторами ACE2 крысы и мыши. Используя показатель цитируемого исследования количества инфицированных клеток на лунку, RaTG13 был примерно вдвое менее эффективен, чем SARS-CoV-2, при связывании с рецептором ACE2 человека (100 тысяч клеток на лунку) и примерно в восемь раз лучше, чем эффективность SARS-CoV-2 с использованием ACE2 летучих мышей R. affinis (12 тыс. клеток/лунку).

Эти данные свидетельствуют о том, что RaTG13 может быть не исходным вирусом летучих мышей, а результатом значительного серийного пассирования вируса летучих мышей в клетках человека или у мышей, где он мог столкнуться с избирательным давлением, чтобы оптимизировать его связывание как с человеческими, так и с человеческими клетками. и рецепторы ACE2 грызунов. WIV определенно взяла образцы коронавируса , похожего на SARS, из шахты в Моцзяне, которую они первоначально назвали Ra4991. Это имя впервые появилось в печати в магистерской диссертации Нин Вана 2014 года, написанной под руководством Ши. В рамках своей диссертации Ван амплифицирует ген N ряда коронавирусов летучих мышей, среди которых Ra4991. Затем Ra4991 был кратко упомянут в статье WIV 2016 года как новый штамм, связанный с SARS. 370-нуклеотидный фрагмент его гена RdRp был депонирован в GenBank. В 2019 году в магистерской диссертации WIV Ю Пинга, под руководством Ши, описан Ra4991 как полностью секвенированный, наряду с тремя другими SARS-подобными коронавирусами. Эти геномы никогда не были обнародованы.

Непонятно, почему RaTG13 нужно было переименовать в начале 2020 года, если было вполне приемлемо продолжать называть его Ra4991 в 2019 году. Переименование вирусных последовательностей довольно редко встречается в коронавирусологии, а переименование чего-либо без ссылки на его ранее опубликованное название неслыханно. В вопросе и ответе, опубликованном Science в июле 2020 года, Ши дала следующее объяснение: "Ra4991 – это идентификатор образца летучей мыши, а RaTG13 – идентификатор коронавируса, обнаруженного в образце. Мы изменили название, так как хотели, чтобы оно отражало время и место сбора образцов. 13 означает, что образец был собран в 2013 году, а TG – это аббревиатура города Тунгуань, где был собран образец".

Для образца, относящегося к мазку фекалий летучей мыши, метагеном данных секвенирования RaTG13 содержит нехарактерно низкое количество бактериальных прочтений. Только 0,65% всех прочтений принадлежат бактериям. Для сравнения, другой образец фекального мазка WIV от R. affinis (SRR11085736), который был загружен в GenBank в тот же день, что и RaTG13, содержал 91% бактериальных прочтений. Метагеномный профиль необработанных данных RaTG13 больше соответствует культивируемому образцу.

В том же вопросе и ответе с Science Ши заявила, что исходный образец RaTG13 больше недоступен для внешней проверки.

Поскольку образец [RaTG13] много раз использовался для выделения вирусной нуклеиновой кислоты, после того, как мы закончили секвенирование генома, образца больше не было, и мы не проводили выделение вируса и другие исследования на нем.

Это утверждение не только чрезвычайно тревожно, учитывая все его особенности, но и явно несовместимо с культивируемым образцом, то есть таким, который ученым удалось заставить саморазмножаться в клеточной культуре на неопределенный срок.

Всемирная паутина

Известно, что за последние сорок лет произошли все утечки из лабораторий. В ноябре 2019 года, незадолго до нынешней пандемии, вспышка бруцеллеза была обнаружена в двух лабораториях в Ланьчжоу на северо-западе Китая. Первоначально заразились около 100 студентов и сотрудников, и в конечном итоге это число выросло до 10 528 подтвержденных случаев заражения.

Самой смертоносной пандемией прошлых лет стала вспышка так называемого русского гриппа 1977 года, впервые выявленная среди детей в Китае. Сегодня научный консенсус заключается в том, что вспышка произошла либо в результате утечки из лаборатории, либо в результате клинических испытаний недостаточно аттенуированной вакцины.

Последовавшая за этим пандемия унесла жизни 700 000 человек.

В 1979 году произошла утечка сибирской язвы из лаборатории в Свердловске, Россия, в результате которой погибло 66 человек. Первый вирус атипичной пневмонии также вырвался из лабораторий как минимум четыре раза: в 2003 году в Сингапуре, в декабре 2003 году на Тайване и дважды весной 2004 году в Китае.

Внешние аудиторы выразили обеспокоенность по поводу безопасности в WIV еще в 2018 году. В том же году сотрудники посольства США посетили институт и провели несколько интервью с исследователями, в том числе с Ши. После своего визита дипломаты отправили в Вашингтон телеграммы, в которых изложили свои опасения по поводу неадекватного контроля безопасности. "Во время общения с учеными в лаборатории WIV, – сообщалось в одной из телеграмм, – [должностные лица] отметили, что в новой лаборатории серьезная нехватка должным образом подготовленных техников и исследователей, необходимых для безопасной эксплуатации этой лаборатории с высоким уровнем защиты".

Обеспокоенность рисками, связанными с эксплуатацией исследовательских лабораторий, разделяло правительство Китая. В январе 2019 года государственное информационное агентство Китая Синьхуа сообщило, что Министерство образования распорядилось "провести капитальный ремонт безопасности в лабораториях высших учебных заведений по всей стране":

Вузам предложено осуществлять круглосуточный и всесторонний контроль за лабораторными опасностями и рисками при закупке, транспортировке, хранении и использовании опасных грузов и вредных веществ и утилизации отходов, говорится в уведомлении министерства.

Вскоре после вспышки COVID-19, в феврале 2020 года, сообщалось, что новый вирус SARS-CoV-2 заразил лабораторный персонал в Китае, хотя впоследствии эти сообщения были опровергнуты. В ноябре 2021 года подтвержденная утечка из лаборатории SARS-CoV-2 на Тайване привела к тому, что 110 человек заразились вирусом от одного зараженного работника лаборатории BSL-3.

Среди многочисленных изменений, наблюдаемых на веб-сайте WIV после вспышки COVID-19 в последние годы, одним из наиболее заметных было удаление страницы, на которой коронавирусы летучих мышей были указаны как патогены BSL-2. Обозначение BSL означает соответствие четырем уровням "стандартных микробиологических практик, специальных практик, оборудования для обеспечения безопасности и лабораторных помещений" для "деятельности, связанной с инфекционными микроорганизмами, токсинами и лабораторными животными", определенными Центрами по контролю и профилактике заболеваний. В рамках своих научных вопросов и ответов Ши подтвердила, что "исследования коронавируса в нашей лаборатории проводятся в лабораториях BSL-2 или BSL-3". Критические различия между BSL-2 и BSL-3 были изложены в статье, опубликованной MIT Technology Review :

BSL-2 предназначен для умеренно опасных патогенов… и показаны относительно мягкие вмешательства: закройте дверь, наденьте защитные очки, утилизируйте отходы в автоклаве. BSL-3 предназначен для патогенов, которые могут вызывать серьезные заболевания через дыхательные пути, такие как грипп и атипичная пневмония, и соответствующие протоколы включают несколько барьеров для побега. Лаборатории отгорожены двумя комплектами самозакрывающихся запирающихся дверей; воздух фильтруется; персонал использует полные СИЗ [средства индивидуальной защиты] и маски N95 и находится под медицинским наблюдением.

В отличие от WIV, исследование Барика по созданию новых химерных коронавирусов проводилось в повышенных условиях BSL-3 с "дополнительными шагами, такими как костюмы Tyvek, двойные перчатки и респираторы с принудительной подачей воздуха для всех рабочих". На этом меры предосторожности не закончились. "Все работники, – сообщалось в MIT Technology Review , – находились под наблюдением на наличие инфекций, а в местных больницах были предусмотрены процедуры для работы с прибывающими учеными. Вероятно, это был один из самых безопасных объектов BSL-3 в мире". Но даже при всех этих мерах предосторожности риски были неизбежны: "Этого все еще было недостаточно, чтобы предотвратить несколько ошибок за эти годы: некоторых ученых даже укусили мыши-носители вируса. Но никаких заражений не произошло".

В мае 2021 года Wall Street Journal опубликовал статью о том, что, согласно ранее нераскрытому отчету разведки США, в ноябре 2019 года трое исследователей WIV были госпитализированы "с симптомами, соответствующими как Covid-19, так и обычному сезонному заболеванию". Хотя китайские власти утверждают, что первые случаи SARS-CoV-2, как известно, произошли только в декабре, есть как минимум одно сообщение о том, что первый случай был зарегистрирован 17 ноября 2019 года.

Если

В марте 2018 года EcoHealth и WIV представили "Агентству перспективных исследовательских проектов Министерства обороны" США (DARPA) предложение о предоставлении гранта для их программы предотвращения новых патогенных угроз. Предложение называлось "Проект DEFUSE: устранение угрозы переносимых летучими мышами коронавирусов". В нем изложена масштабная исследовательская программа стоимостью 14 миллионов долларов США, которая включала сбор тысяч образцов вируса в пещерах летучих мышей в Юньнани для выявления штаммов высокого риска с конечной целью иммунизации летучих мышей против них. Наиболее интригующе то, что предложение выявило намерения генетически спроектировать новые сайты расщепления в спайковом гене SARS-подобных коронавирусов: "После связывания с рецептором различные протеазы клеточной поверхности или эндосомы расщепляют гликопротеин S SARS-CoV, вызывая массивные изменения в структуре S и активируя опосредованное слиянием проникновение. Мы проанализируем все последовательности гена S SARSr-CoV на наличие надлежащим образом консервативных сайтов протеолитического расщепления в S2 и на наличие потенциальных сайтов расщепления фурином. … Там, где возникают явные несоответствия, мы будем вводить соответствующие сайты расщепления, специфичные для человека, и оценивать потенциал роста в клетках Vero и культурах HAE. … Мы также рассмотрим данные глубокой последовательности для SARSr-CoV с низким уровнем распространенности и высокого риска, которые кодируют сайты функционального протеолитического расщепления, и, если это так, введем эти изменения в соответствующий родительский штамм с высокой распространенностью и низким риском".

Понятно, что исследователи планировали искать наличие участков расщепления фурином в эволюционно консервативных местах расщепления в спайковом гене, и если по каким-то причинам возникало несовпадение в таких консервативных местах, они вводили бы специфичное для человека расщепление. сайт в такие вирусы. Они также предложили искать "функциональные сайты протеолитического расщепления" в других SARSr-CoV с высоким риском, а затем генетически сконструировать такие сайты расщепления в штаммах с низким риском, чтобы оценить их потенциал роста в культурах клеток эпителия дыхательных путей человека (HAE).

Мы путешествуем по всем старым знакомым кругам. Вставка PRRA в SARS-CoV-2 создала сайт расщепления фурином на эволюционно законсервированном стыке расщепления S1/S2. Именно там многие другие коронавирусы имеют функциональные сайты расщепления фурина, в том числе коронавирус грызунов с сайтом расщепления фурина RRAR, собранный командой Ши из пещеры в Юньнани в 2017 году.

Вставка PRRA для создания сайта расщепления PRRAR|SV могла быть вдохновлена фрагментом PAAR, обнаруженным на стыке S1/S2 в другом SARS-подобном вирусе из Юньнани. Штамм RmYN02 был выделен из летучих мышей R. malayanus в 2019 году – того же вида летучих мышей, который содержал штамм BANAL-52, обнаруженный в Лаосе в сентябре 2021 года идентичен RBD, обнаруженному в SARS-CoV-2. До открытия BANAL-52 было известно, что только штамм панголина содержит этот конкретный RBD.

BANAL-52 имеет еще одно отличие. После оценки всего генома BANAL-52 вытеснил RaTG13 как ближайшего родственника SARS-CoV-2.

В рамках договоренностей о сотрудничестве EcoHealth отправила образцы летучих мышей в WIV для анализа. WIV также собрала свои собственные образцы во время полевых поездок в Лаос и в местах в провинции Юньнань недалеко от китайской границы с Лаосом. Исследование с использованием этих образцов обсуждается в статье 2020 года Элис Латинн и др.: "Наш филогенетический анализ показывает большое разнообразие CoV от летучих мышей, отобранных в Китае, при этом большинство родов летучих мышей, включенных в это исследование (10/16), инфицированы как α-, так и β-CoV. В нашем филогенетическом анализе, который включает все известные CoV летучих мышей из Китая, мы обнаружили, что SARS-CoV-2, вероятно, происходит от клады вирусов, происходящих от подковоносых летучих мышей ( Rhinolophus spp.). Географическое положение этого происхождения, по-видимому, провинция Юньнань. Однако важно отметить, что: (1) в нашем исследовании были собраны и проанализированы образцы исключительно из Китая; (2) многие места отбора проб находились недалеко от границ Мьянмы и Лаосской Народно-Демократической Республики; и (3) большинство летучих мышей, отобранных в Юньнани, также встречаются в этих странах, включая R. affinis и R. malayanus., виды, несущие CoV с наивысшей идентичностью последовательности RdRp с SARS-CoV-2. По этим причинам мы не можем исключить происхождение клады вирусов, являющихся предшественниками SARS-CoV-2, за пределами Китая, а также в Мьянме, Лаосской Народно-Демократической Республике, Вьетнаме или другой стране Юго-Восточной Азии. Кроме того, наш анализ показывает, что вирус RmYN02 из R. malayanus , который характеризуется вставкой нескольких аминокислот в месте соединения субъединиц S1 и S2 белка Spike (S), принадлежит к той же кладе, что и RaTG13. и SARS-CoV-2, что еще раз подтверждает естественное происхождение SARS-CoV-2 у Rhinolophus spp. летучие мыши в регионе".

Лаосские вирусы BANAL включают штаммы, обозначенные как BANAL-116 и BANAL-246. Оба штамма идентичны RmYN02 по их локусу PAA на стыке S1/S2, но различаются своими RBD.

Если WIV собирал образцы в Лаосе или рядом с ним до начала пандемии, они вполне могли столкнуться с BANAL-52-подобным вирусом летучих мышей, который циркулирует совместно с RmYN02-подобным штаммом, демонстрирующим нефункциональный сайт расщепления PAAR в S1/ развязка С2. Открытие могло побудить их провести эксперимент в соответствии с предложением DEFUSE: эксперимент по превращению PAAR в PRRAR и созданию полностью функционального полиосновного сайта расщепления RRAR.

Если это считать предположением, оно никоим образом не лишено правдоподобия. Фрагмент PAA в RmYN02 и BANAL-116 и -246 кодируется кодонами CCT GCA GCG; вставка PRRA в SARS-CoV-2 кодируется CCT CGG CGG GCA, т. е. кодоны во вставке SARS2, кодирующие пролин (CCT) и аланин (GCA), идентичны кодонам, обнаруженным в RmYN02 и лаосских штаммах.

Идея такой работы очевидна и четко изложена в предложении DARPA: исследовать, какой эффект новый сайт расщепления фурином может оказывать на клетки человека – например, клетки HAE – или гуманизированных мышей, чтобы оценить риск появления у человека новых штаммов летучих мышей. поза. Такие эксперименты хорошо подошли бы для гранта 2019 года от Молодежного научного фонда, присужденного Бену Ху на WIV за исследования "Патогенности двух новых коронавирусов, связанных с SARS летучих мышей, для трансгенных мышей, экспрессирующих человеческий рецептор ACE2".

Решение использовать кодоны CGG-CGG для двух аргининов могло быть вызвано желанием включить отслеживающий маяк Fau I во вновь созданный сайт расщепления фурином, что позволило бы быстро проверить, присутствует ли еще вставка или она мутировала. Вирусологи используют различные ферменты рестрикции, предназначенные для распознавания определенных генетических последовательностей и разрезания нуклеотидных цепочек при распознавании. Рестриктаз Fau I распознает [5 CCCGC] [3 GGGCG] и порезы [5 – CATG– 3] [3 – GTAC– 5].

Метод, использующий рестрикционные ферменты для скрининга на наличие или отсутствие определенного геномного признака, называется полиморфизмом длин рестрикционных фрагментов (RFLP) и используется уже несколько десятилетий. Примеры использования Fau I для анализа RFLP хорошо задокументированы в научной литературе, и известно, что WIV использовал технику RFLP в прошлом. Если бы исследователь из WIV решил вставить новый сайт расщепления фурина в коронавирус, они могли бы также оснастить свою вставку маяком слежения, который мог бы подтверждать его постоянное присутствие с помощью техники RFLP. Сайт расщепления фурином имеет тенденцию мутировать in vitro или у некоторых лабораторных животных.

Растущий интерес WIV к расщеплению шипов в 2019 году мог быть мотивирован работой, проводимой в то время группой Барика. В 2015 году Барик и Ши опубликовали статью о критической важности сайта расщепления фурина в MERS как катализатора его перехода от летучих мышей к людям. Одним из соавторов их статьи был Шибо Цзян. Двумя годами ранее Цзян сообщил о создании нового сайта расщепления RIRR посредством 12-нуклеотидной вставки (CGG ATC AGG CGC), хотя и не в коронавирусе. В 2020 году он сотрудничал с Ши для разработки панкоронавирусного терапевтического средства, пептида-ингибитора слияния. Судя по всему, работа над этим проектом продолжалась в конце 2019 года. Расщепление шиповидного белка активирует вход, опосредованный слиянием.

Эти наблюдения указывают на наводящую или даже подозрительную схему проведенных или запланированных исследований в WIV, которая вполне могла привести к образованию SARS-CoV-2 с его новым сайтом расщепления фурином, столь нехарактерным для SARS-подобных коронавирусов летучих мышей.

EcoHealth и WIV провели исследования по расширению функций как вирусов, подобных SARS, так и гораздо более смертоносных вирусов, подобных MERS. Вспышка MERS в 2012 году убила примерно 35% всех, кто заразился вирусом. В период с 2016 по 2019 год EcoHealth и WIV занимались созданием новых химерных MERS-подобных вирусов с различными RBD, сплайсированными из других MERS-подобных вирусов летучих мышей.

Отчет о ходе работы EcoHealth за пятый год раскрыл создание двенадцати новых химер. Полученные новые вирусы были затем протестированы на гуманизированных мышах и показали значительно усиленный патогенез.

WIV, по-видимому, участвовал в исследованиях расширения функций MERS не только в сотрудничестве с EcoHealth, но и отдельно. Неопубликованные обратные генетические основы, подобные MERS, были обнаружены в наборах сельскохозяйственных данных из Уханя, которые, похоже, не связаны с грантом EcoHealth.

Вывод

Нынешняя пандемия SARS-CoV-2 была и остается катастрофой для общественного здравоохранения – самой серьезной за столетие. Вопросы о происхождении Covid-19 одновременно являются вопросами юридического, финансового и морального характера. На данный момент исследователи не могут ничего сделать, кроме как надеяться на лучшее объяснение; и на данный момент лучшим объяснением кажется то, что вирус сбежал из WIV.

WIV был крупнейшим переносчиком вирусов в Ухань со всей Азии, в том числе многих вирусов, подобных SARS, из Лаоса и Юньнани. Филогенетический анализ показывает, что вспышка SARS-CoV-2 была идеально локализована в Ухане, поскольку все штаммы, которые были обнаружены в других местах, являются потомками уханьского штамма. Если бы вирус циркулировал незамеченным в других частях Китая, вирусологи в конечном итоге отметили бы эти доуханьские штаммы и их потомков на филогенетическом древе. Даже после секвенирования более шести миллионов геномов SARS-CoV-2 не было обнаружено никаких доказательств наличия SARS-CoV-2 до Уханя.

Мало того, что WIV был самым большим резервуаром SARS-подобных вирусов в Ухане, если не во всем мире, его ученые занимались созданием новых SARS-подобных и MERS-подобных химер и потенциально усиливали их трансмиссивность и патогенность. Имея в виду эти обстоятельства, рассмотрим следующие факты:

Ши и Цзян были экспертами в области расщепления шиповидных белков и работали над панкоронавирусным терапевтическим средством для подавления слияния вируса с клеточными мембранами после расщепления.

Цзян ранее создал новый сайт расщепления фурином с помощью 12-нуклеотидной вставки, но не в коронавирусе.

В совместном предложении о гранте, представленном DARPA WIV и EcoHealth, они предложили создать новые сайты расщепления, специфичные для человека.

В совокупности эти моменты делают 12-нуклеотидную вставку, которая создала новый сайт расщепления фурином в SARS-CoV-2 – столь нехарактерный для SARS-подобных вирусов – выглядят крайне подозрительно.

Поведение WIV и его ученых также вызывает множество тревожных вопросов. Вирусный штамм RaTG13 является показательным примером. Впервые собранный WIV в 2013 году, RaTG13 был секвенирован в 2018 году, но не был раскрыт до вспышки SARS-CoV-2. В своем первоначальном раскрытии WIV не упомянул, как или когда они стали обладателями RaTG13, не указал, что он ранее назывался Ra4991, не процитировал свою собственную статью 2016 года, в которой он впервые упоминается, и, похоже, подразумевал, что они только секвенировали образец. после вспышки. Это не похоже на поведение ученых, изо всех сил пытающихся установить, как лаосский или юньнаньский вирус вызвал вспышку в Ухане.

Ни один из этих пунктов сам по себе не является окончательным, но косвенные доказательства больше наводят на мысль об утечке из лаборатории, чем на стихийное бедствие.

Есть еще одна причина серьезно отнестись к данному вопросу. Это профилактическое. Зная, наконец, что COVID-19 возник в WIV, мы сможем добиться введения всемирного запрета на исследования, направленные на усиление функции — исследования, которые столь же бесполезны, сколь и опасны.