Временная администрация по управлению АО "Вологдабанк", назначенная приказом Банка России от 19 декабря 2016 года № ОД-4613 в связи с отзывом у банка лицензии на осуществление банковских операций, установила, что портфель ценных бумаг на сумму свыше 900 млн рублей представлен пакетами неликвидных ценных бумаг российских эмитентов, не имеющих рыночной котировки. Кроме того, временной администрации не были представлены документы, подтверждающие фактическое наличие ценных бумаг в депозитарии банка, осуществляющем учёт ценных бумаг на сумму свыше 800 млн рублей.

Временная администрация выявила также операции, имеющие признаки вывода из банка активов путём выдачи кредитов компаниям с сомнительной платёжеспособностью.

По оценке временной администрации, стоимость активов "Вологдабанка" составляет 711 млн рублей при величине обязательств перед кредиторами в размере 1380 млн рублей, в том числе перед вкладчиками в размере 1129 млн рублей.

Арбитражный суд по Вологодской области 07 февраля 2017 года принял решение о признании "Вологдабанка" несостоятельным (банкротом) и об открытии в отношении него конкурсного производства. Конкурсным управляющим утверждена государственная корпорация "Агентство по страхованию вкладов".

Информация об осуществлённых бывшими руководителями и собственниками "Вологдабанка" финансовых операциях, имеющих признаки уголовно наказуемых деяний, направлена Банком России в генеральную прокуратуру, министерство внутренних дел и следственный комитет для рассмотрения и принятия соответствующих процессуальных решений.